과점주주 간주취득세, 자진신고액이 장부 기준에 못 미치면 과세관청이 다시 산정할 수 있다

대법원은 2026년 8월 12일 선고한 2026두30758 판결에서 비상장법인의 과점주주가 되면 그 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 보고 부과하는 간주취득세의 과세표준을 어떻게 정하는지 정리했다. 구 지방세법 제7조 제5항과 제10조 제4항에 따라 과세표준은 취득의제 당시 그 법인의 자산총액을 기준으로 하고, 결산서와 그 밖의 장부를 기초로 산출할 때는 그 시점의 장부가액을 기준으로 한다는 것이다. 핵심은 이 기준이 납세의무자가 자진신고한 경우에도 그대로 적용된다는 점이다. 신고해야 할 과세표준은 '정당한 과세표준'을 뜻하므로, 신고액이 장부상 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 산정한 금액에 미달하면 과세관청은 신고 내용과 다르게 과세표준을 산정할 수 있다.

반대 방향의 판단도 함께 나왔다. 법인 장부가액을 과세표준으로 삼는 취지는 조직화된 법인의 장부가 거래가액 조작 염려가 적어 실제 취득가격에 부합한다고 볼 신빙성이 있다는 전제에 있다는 것이다. 따라서 실제 취득가격에 부합하는지와 관계없이 장부가액을 무조건 과세표준으로 해야 하는 것은 아니고, 이 법리는 간주취득세 과세표준을 산정할 때도 같게 적용된다.

사안에서 원고는 2021년 12월 3일과 2022년 6월 13일에 각각 발행주식 50%를 취득해 과점주주가 됐고, 토지 과세표준을 589억2530만6710원으로 신고·납부했다. 이후 취득원가에서 평가충당금을 뺀 84억9500만원이 과세표준이라며 경정청구를 했으나 거부됐고, 법원은 평가충당금 산정의 적정성을 뒷받침할 객관적 자료와 근거가 제출되지 않아 신빙할 수 없다고 봤다.

비상장법인의 주식을 취득해 지분 50%를 넘기며 과점주주가 되는 경우가 해당 범위다. 확인할 지점은 취득의제 시점의 결산서·장부상 자산총액과 신고액이 일치하는지, 그리고 취득원가에서 차감을 주장하는 충당금 등이 있다면 그 산정 근거를 객관적 자료로 제시할 수 있는지다.

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