사업인정고시 없는 협의취득도 양도세 감면 대상 — 대법원, 과세관청 거부처분 위법 판단

대법원은 2026년 9월 3일 선고한 2026두30681 판결에서, 공익사업용 토지를 사업인정 전 협의취득으로 양도한 경우 그 뒤 별도의 사업인정고시가 없어도 구 조세특례제한법(2023년 12월 31일 법률 제19936호로 개정되기 전의 것) 제77조 제1항 제1호의 세액감면 요건을 충족한다고 판단했다. 양도일부터 소급해 2년 이전에 취득한 토지를 2023년 12월 31일 이전에 양도해 생긴 소득이면 된다는 것이다. 조항의 '사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일' 부분은 수용과 달리 양도일을 보유기간 기산점으로 삼는 시간적 한계를 정한 것일 뿐이며, 이를 사업인정고시가 반드시 있어야 한다는 뜻으로 읽으면 법문언에 반하는 확장·축소해석이라고 봤다. 제3호가 수용을 명시한 것과 달리 제1호는 '양도'라는 표현을 써 협의취득을 포괄하므로, 수용절차에서만 필수인 사업인정고시를 제1호의 요건으로 보기 어렵다는 논리다.

사건의 토지 소유자는 국방·군사시설부지 매입사업에 편입된 파주 소재 토지를 2022년 5월 대한민국과 손실보상협의계약을 맺어 공공용지 협의취득 방식으로 넘겼다. 이후 경정청구를 했으나 과세관청은 토지가 사업용이라는 점은 인정하면서도 사업인정고시가 없어 감면규정을 적용할 수 없다며 일부만 환급했다. 원심(서울고등법원 2025누4120)과 대법원은 모두 이 거부처분이 위법하다고 봤다. 협의취득은 형식은 사법상 매매계약이지만 과정에 공법적 규제가 있고 협의에 불응하면 수용된다는 압박이 작용하므로 수용과 공법적 기능에서 실질적 차이가 없다는 선례가 근거로 인용됐다. 사업인정고시를 요건으로 보면 공익사업에 협조해 협의에 응한 사람이 불응 끝에 수용된 사람보다 불리해지는 불균형이 생긴다는 점도 지적됐다.

해당되는 쪽은 공익사업에 토지를 협의취득으로 넘기고 감면 적용을 두고 다투는 토지 소유자다. 다만 이 판결이 다룬 조항은 2023년 12월 31일 개정 전 구법이고, 감면 대상 양도 기한도 조문상 2023년 12월 31일 이전이다. 자기 사안에 대려면 양도가 토지보상법상 협의취득에 해당하는지, 취득일이 양도일부터 2년 이전인지, 적용 법령이 개정 전·후 중 어느 것인지를 먼저 확인해야 한다. 판결에서는 감면신청 기간을 지키지 않으면 감면을 받을 수 없다고 본 종전 판례들도 함께 소개됐다.

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